Az iskolának majdnem 150 éves múltra visszatekintő történelme van. Létesítését 1857-ben határozta el a református egyházmegye, és 1859-ben kezdte el működését Székely Tanoda néven a vártemplom mellett, az első gimnáziumi osztály beindításával, német iskolaként.
Az iskola telkét az 1860-as években szerezték meg adakozások és vásárlások útján.
1870-ben gróf Mikó Imre saját költségén Zofahl Gusztáv építészmérnökkel elkészítteti a főtér felőli szárny tervét, ami 1877-re fel is épül. Az építéshez szükséges pénzösszeg megszerzésében Császár Bálint is segített.
Mikó Imre (akit 1876-ban Erdély Széchenyijének neveztek) 60 000 koronás alapítványával és némi állami segéllyel 1890 és 1892 között Alpár Ignác tervei alapján felépül a déli szárny. Felveszi a Székely Mikó Tanoda nevet, és már 1892 szeptemberében, mint nyolcosztályos főgimnázium, megnyitja a kapuját.
1893 nyarán megtartják az első érettségi vizsgát.

A déli szárny északkeleti részében kétszintes dísztermet rendeztek be, melynek magasságát 1940-ben a földrengés okozta károk miatt egy szinttel csökkenteni kellett.
Az új mennyezetet 1942-ben festett kazettákkal díszítették és a karzatot lebontották. A szószék mögötti nyugati falat 1897-től balról dr.Csáky Albin vallás- és oktatásügyi miniszter, középen gróf Mikó Imre, jobbról a szemeriai Szász Domokos református püspök életnagyságú képmása díszíti.
A keleti falon a kollégium főgondnokainak portréi láthatók: id. Donáth József, Újjvárossy József és dr. Bodor Domokos. Újjvárossy halálának első évfordulóján, 1937 júniúsában került a díszterem déli falára Csutak Vilmos arcképe, aki az akkori igazgató volt. A képeket Végh András festette a müncheni festőiskola stílusában.
Csutak Vilmos portréját Dezső Miklós nagyajtai gyógyszerész festette, Újjvárossy József portréját pedig Gyárfás Jenő adományozta az iskolának.
Sajnos a képek második világháború utáni sorsáról nincs tudomásunk, valószínű hogy 1944-ben rablók áldozatává váltak, egyben az érettségi tablók egy része is.

1927-ben a lányok és a fiúk még kerítéssel voltak elválasztva, nehogy szünetben kapcsoltba kerüljenek.
A tornaterem előtt akkor található színpadon ünnepélyeket, tornamutatványokat tartottak.
A Székely Mikó Kollégium mindig híres volt a testnevelésről, az iskola diákjai nemegyszer országos hírnevet szereztek.
1905-ben Budapesten országos középiskolás tornaversenyt nyert a csapata, mely elnyerte az 1901-ben alapított Vándorzászlót is, melyet ma a Székely Nemzeti Múzeumban őriznek.

Szintén híres az iskola Népi Együttese, mely 1968-tól működik Dancs Árpád segítségével, és beutazták Magyarországot, Kárpátalját és a Vajdaságot.
1977-ben a ”Megéneklünk, Románia“ fesztivál országos szakaszában második díjat nyert.

Az 1989-es decemberi fordulat után feszült légkörű egyeztetések útján a Székely Mikó Kollégium 1990. szeptember 1-től visszakapta régi nevét és magyar tannyelvű státusát.
Céljai között fontosnak ítéli meg az anyanyelvi műveltség megalapozását, hagyományainak ápolását.
A pécsi Leöwey Klára Gimnázium, a kiskunhalasi Bibó István Gimnáziummal, az angliai churchdowni Chosen Hill iskolával, a franciaországi compienei Institution Guynemer intézménnyel kialakított együttműködés, valamint az Europát átfogó Socrates Programba való bekapcsolódás segíti a diákokat a világra tekintő, korszerű ismeretek elsajátításában.
Az 1990-es évektől a tanulók résztvesznek a Kárpát-medence magyar diákságának rendezvényein. A legjobbak anyanyelvi és honismereti vetélkedők, matematika-, informatika-, fizikaversenyek, sportrendezvények dobogós helyezéseit érték el Ungvártól Nagykanizsáig, Szabadkától Galantáig, de megállták helyüket a rangos országos tantárgyversenyeken is.

A 2001-2002-es tanévben az iskolának 1328 tanulója volt, elemi tagozaton 15, gimnáziumin 20, líceumban 20 osztályba sorolva. Ez utóbbiak reál és humán arcélűek: kétnyelvű angol-magyar, matematika-informatika, természettudomány, társadalomtudomány és filológia.
Végzős nagydiákjaink mintegy 90%-a folytatta tanulmányait felsőoktatási intézményekben.


ISKOLAI ÉVFORDULÓK ÉS MIKÓ NAPOK

1. 1969.október 26. - Iskolánk fennállásának 110.évfordulója
2. 1984.december 15. – Iskolánk fennállásának 125.évfordulója
3. 1999. október 22. – Iskolánk fennállásának 140. évfordulója
4. 1990. június 2. – Népi együttesünk fennállásának 22. évfordulója
5. 1991. május 31. – június 2. – Mikós Véndiákok II. Világtalálkozója
6. 1996. június 5. – Mikós Véndiákok III. Vilégtalálkozója
7. 1996. november 23. – Gróf Mikó Imre emléktábla avatása
8. 1998. november 23. – Gróf Mikó Imre szobor avatása